Si el disco está correctamente identificado, el jugador puede insertar el disco de las misiones especiales y el juego se carga con normalidad. Este requisito se ausentó en las versiones americanas y japonesas de VR Missions. Si bien la historia y la configuración del juego se mantuvieron sin cambios (aunque unas pocas líneas de diálogo se reescribieron para hacerlas parecidas a la versión original en japonés), se añadieron una serie de características que aparecieron en la secuela Metal Gear Solid 2: Sons of Liberty, como la vista en primera persona para apuntar y colgarse por las barras en las paredes.
